Em 1918 a cidade de São Paulo foi presenteada com um morador que mais para frente daria início ao trabalho evangelístico no bairro da Lapa. O missionário Willis R. Banks, junto com sua família, ao receber o incentivo de obreiros e apoio financeiro da IP Unida, formou uma pequena congregação em sua casa, localizada na Rua Jorge Smith. O grupo foi crescendo e a residência da família Banks já não comportava tanta gente, então a congregação foi removida para um novo salão na Rua Dronsfield, alugada da família Tracco, que comportava cerca de 50 pessoas. Logo em seguida, se mudaram para um salão ainda maior na Rua Trindade. A Congregação foi intimada a desocupar o imóvel pois o mesmo seria demolido para construção de outro, e mais uma vez teve que se mudar, agora para a Rua Engenheiro Fox, local com um amplo terreno, um salão e 5 salas, imóvel adquirido pela Igreja Unida e pago em prestações pela Congregação.

Em 1923 a congregação manifestou o desejo de se constituir igreja. O presbitério então nomeou uma comissão para avaliar se a organização seria possível. A comissão notou o esforço missionário e evangelístico da congregação, assim como o grande número de membros que garantiriam a estabilidade da liderança e financeira do trabalho. Aprovada pelo presbitério  no dia 22 de agosto de 1924, em um culto solene a comissão declarou a organização da Igreja Cristã Presbiteriana da Lapa. Com apenas 36 membros, a ICPL passou a dar seus primeiros passos.

O primeiro pastor a assumir a igreja foi o Reverendo Matatias Gomes dos Santos. Ele, embora sobrecarregado por pastorear também a Igreja Unida, conduziu a Lapa por dois anos, auxiliado pelo Rev. Roberto Lenington. Durante o período a igreja cresceu tanto materialmente, quanto espiritualmente e foram recebidos 27 membros por profissão de fé e 9 por transferência. Foi, também, organizada sua primeira sociedade interna “Centro dos Discípulos de Cristo”, que ao lado da “Sociedade das Senhoras”, fundada antes da congregação, garantiu o progresso da obra.

O segundo pastor foi o Reverendo Willian Kerr, em janeiro de 1927, que teve um ano de pastorado. Em 1928 e 1929 tomaram posse o pastor João M. da Mota Sobrinho e Nelson Omegna. Em 1930 tomou posse o Rev. Dr. Thomaz Porter, por 6 anos. Nessa época, houve sérios problemas e ela acabou sendo dissolvida pelo Presbitério de São Paulo e constituída em Congregação autônoma. Apesar disso a congregação continuou a crescer e em 1933 contava com 140 membros comungantes e 106 membros menores. Passados os momentos difíceis, a congregação voltou a crescer e em 1º de janeiro de 1934, o presbitério promoveu a reorganização da Igreja. Dando continuidade ao trabalho o Rev. Amantino Adorno Vassão assumiu o pastorado por 9 anos, sendo ele o primeiro pastor efetivo, consolidando-a. Encontrou a igreja com 139 membros e 3 escolas dominicais com 175 alunos. Ao finalizar seu mandato este número passou para 265 e 5 escolas dominicais com 400 alunos. Foi o fundador da UMP local. Também envidou esforços para a compra de terreno na Lapa de cima para a construção de seu templo. O Rev. Amantino foi convidado a ir para a Igreja Presbiteriana do Rio de Janeiro.

Assumiu o pastorado da Igreja em 04/02/1945 o Rev. Domício Pereira de Matos, hábil administrador e continuou a arrecadar fundos para a construção do templo. Dois anos após sua posse (09/04/1947) foi adquirido o terreno da Rua Roma, 465, com recursos da mesma, elaboração de plantas, aprovação do Presbitério e Prefeitura e no dia 14/12/1947, houve o culto solene, às 16h25, com lançamento da pedra fundamental, no qual compareceram mais de 500 pessoas, sendo orador oficial o Rev. Amantino Adorno Vassão. O culto de despedida das antigas instalações se deu no dia 31/12/1947 e a igreja ficou abrigada na Igreja Evangélica Húngara, na Rua Domingues Rodrigues, durante algum tempo. As obras começaram de imediato, sendo o salão social entregue em 20/10/1948 e o templo consagrado em 22/08/1949 que embora inacabado era o maior templo presbiteriano de São Paulo. No seu pastorado foram organizadas 2 congregações e 2 pontos de pregação.

Pastorearam a igreja a partir de 1952 os reverendos: Paulo Lício Rizzo por 3 anos; Theóphilo Carnier, de 1955 a 1960; Renato Fiusa Telles em 1961; Oswaldo Alves de 1962 a 1971; José Cássio Martins de 1971 a 1980; Carlos Alberto Rodrigues Alves, em 1982; Oscar Ciola, em 1982; Jonas Gonçalves Cunha de 1982 a 1998; George Alberto Canêlhas, de 1999 até 27/10/2020 (data de seu falecimento), e desde essa data pelo Rev. Sérgio Paulo de Lima.

A igreja, segue firme no propósito de anunciar o nome de Deus pelo bairro, cidade, estado, país e mundo, não só pela pregação, mas através da vida de seus membros.